فرضیات و سؤالات پایان نامه، بیان‌گر دغدغه‌ها، ایده‌ها و همچنین پیشبینی محقق نسبت به وجود رابطه میان متغییرهای تحقیق است.
فرضیه در پایان نامه به دنبال این است که سؤالات مربوط به تحقیق را مطرح نموده و پاسخ درستی برای آن‌ها ارائه کند. برای مثال فرض کنید موضوع تحقیق شما "تاثیر مشارکت جامعه‌ی محلی در توسعه‌ی پایدار اقتصادی منطقه‌ی آزاد کیش" است. یکی از سؤالات مربوط به تحقیق این است که آیا مشارکت فعالانه‌ی جامعه‌ی محلی در فرآیند تصمیم‌گیری در منطقه‌ی کیش، می‌تواند باعث تحقق توسعه‌ی پایدار اقتصادی شود یا خیر؟ و اما در بیان فرضیه به این عبارت می رسیم که "مشارکت فعالانه جامعه‌ی محلی موجب تحقق توسعه‌ی پایدار اقتصادی خواهد شد" بنابراین فرضیه هم سؤال است و هم پاسخ به سؤال؛ یعنی تمام کلیدواژه‌های مربوط به سؤال را پوشش داده و از طرف دیگر به آن پاسخ می‌دهد.
شبیه سازی در پایان نامه و رساله دکتری - نکات مهم در نگارش پایان نامه
