واژه صحافی در پایان نامه یک واژگان ادبی در زبان فارسی به معنای صفحه بندی و جلد کردن است. زمانی که از صحافی پایان نامه صحبت می شود بدین معنا است که باید پایان نامه را به صورت مرتب شده بر اساس اصول دانشگاه صفحه بندی و جلد کرد. آخرین و شاید خوش آیندترین مرحله در فرآیند فارغ التحصیلی که به صدور مدرک تحصیلی و اتمام پایان دوره کارشناسی ارشد و یا دکتری ختم می شود، صحافی پایان نامه است. این پروسه معمولا زمان زیادی را در برنمیگیرد و برای دانشگاه و موسسه مورد نظر مهم قلمداد می شود.

اهمیت صحافی از این جهت است که موجب می شود پایان نامه در یک قالب استاندارد مورد نظر دانشگاه در بیاید و از نظر محتوایی کاملا ویراستاری شده و عاری از هرگونه مشکل محتوایی و گرامری به مسئول مربوطه تحویل داده شود. این کار از این جهت اهمیت دارد چرا که پایان نامه ها معمولا پس از نگارش باید در اختیار کتابخانه دانشگاه و از آنجا در اختیار عموم جامعه و متخصصان و محققان برای مطالعه و بررسی بیشتر قرار بگیرد. اما علاوه بر اهمیت علمی و دانشگاهی آن، فرآیند صحافی موجب می شود که از فرسودگی پایان نامه جلوگیری شده و تا مدت ها بتوان به راحتی آن را در کتابخانه حفظ کرده و در اختیار سایرین قرار داد. به طور کلی مراحل صحافی پایان نامه به صورت زیر خواهد بود:

1. ویراستاری ساختاری و محتوایی پایان نامه و انجام اصلاحات لازم متناسب با نظر اساتید و استانداردهای دانشگاه

2. مراجعه به واحد تکثیر دانشگاه یا مراکز صحافی پایان نامه در خارج از دانشگاه به منظور انجام صحافی (توصیه می شود به مراکز صحافی در دانشگاه مراجعه کنید)

3. دریافت فرم های مربوطه و پر کردن آنها (فرم تعهدنامه اصلت اثر و فرم گواهی دفاع از پایان نامه که می بایست به تایید اساتید راهنما، مشاور و خود دانشجو برسند)

4. مرتب کردن صفحات پایان نامه به صورت ارائه شده توسط دانشگاه (معمولا صفحه اول سفید، صفحه بعد بسم الله، صفحه عنوان دقیقا مشابه روی جلد پایان نامه، گواهی دفاع، تعهدنامه اصالت اثر، صفحه تقدیر و تشکر و الی آخر).

5. ارائه فایل کامل پایان نامه در قالب فرمت ورد و پی دی اف به واحد تکثیر مربوطه به همراه فرم های امضا و تایید شده

6. پرداخت هزینه و مشخص کردن رنگ جلد پایان نامه که به سه رنگ مشکی، زرشکی و سرمه ای در اختیار دانشجویان قرار میگیرد. معمولا پایان نامه در 3 نسخه یکسان صحافی می شود که یک مورد برای کتابخانه دانشگاه، یک مورد برای کتابخانه دانشکده، یک مورد برای یکی از اساتید یا خود دانشجو.

ویراستاری و تقویت - پلاجریسم، تشابه جویی - ithenticate

فرضیات و سوالات در پایان نامه بیانگر دغدغه ها، ایده ها و پیشبینی نویسنده نسبت به روابط میان گویه موجود در تحقیق است. فرضیه در پایان نامه به دنبال این است که سوالات مربوط به تحقیق را مطرح کرده و پاسخ درستی برای آن ارائه کند. برای مثال فرض کنید موضوع تحقیق شما "تاثیر مشارکت جامعه محلی در توسعه پایدار اقتصادی منطقه آزاد کیش" است. یکی از سوالات مربوط به تحقیق این است که آیا مشارکت فعالانه جامعه محلی در فرآیند تصمیم گیری در منطقه کیش می تواند باعث تحقق توسعه پایدار اقتصادی شود یا خیر؟ و اما در بیان فرضیه به این عبارت می رسیم که "مشارکت فعالانه جامعه محلی موجب تحقق توسعه پایدار اقتصادی خواهد شد" بنابراین فرضیه هم سوال است و هم پاسخ به سوال یعنی تمام کلیدواژه های مربوط به سوال را پوشش داده و از طرف دیگر آن را جواب می دهد. همچنین تفاوت معنادار دیگری نیز بین سوالات تحقیق و فرضیات پایان نامه وجود دارد که عبارت است از زمان مطرح شدن آنها در پایان نامه!
معمولا سوالات تحقیق در ابتدای پایان نامه و پیش از مطالعه جامع و دقیق ادبیات موضوع مطرح می شوند ولی معمولا فرضیات بعد از کاوش و بررسی موشکافانه منابع ارائه خواهند شد. دانشجو پیش از اینکه به دنبال بررسی منابع باشد با توجه به پیش زمینه ذهنی خودش و اطلاعاتی که پیشتر به صورت مختصر در مورد موضوع تحقیق بدست آورده است، سوالاتی را مطرح می کند. اما در بیان فرضیات اینطور نیست و دانشجو پس از بررسی دقیق و موشکافانه هر فاکتور موجود در تحقیق و بررسی ارتباط بین گویه های متغیر مستقل و وابسته در منابع مختلف سعی میکند فرضیات خودش را تکمیل و ارائه نماید. به طور کلی یک فرضیه خوب در پایان نامه ویژگی های زیر را به همراه دارد:
1. کاملا شفاف و دقیق بیان می شود: با توجه به اینکه فرضیات تحقیق به دنبال شفاف سازی ارتباط بین فاکتورهای تحقیق بوده و قصد دارد پیشبینی علمی در مورد سوالات تحقیق ارائه نماید، بنابراین باید به شفاف ترین و دقیق ترین شکل ممکن ارائه شوند تا مخاطبان را دچار ابهام و سردرگمی نکنند.
2. ارائه فرضیات در چارچوب تحقیق: حفظ انسجام در محتوای پایان نامه یکی از نکات کلیدی برای بهبود کیفیت کلی پایان نامه است. تمامی سوالات، فرضیات، مدلها و ارکان مختلف پایان نامه باید در ارتباط مستقیم و انسجام با موضوع پایان نامه باشند. بنابراین فرضیات نیز باید در ارتباط مستقیم با عنوان و سوالات پایان نامه بوده و از چارچوب کلی تحقیق خارج نشوند.
3. قابل اندازه گیری بودن فرضیات: تمامی فرضیات تحقیق باید واقعی، مبتنی بر استانداردهای موجود در ادبیات موضوع و قابل اندازه گیری باشند. چنانچه فرضیه ای را مطرح می کنید که برای آن گویه مشخصی ندارید و یا ابزارهای لازم برای گردآوری داده ها و اندازه گیری آن را ندارید، بنابراین فرضیه نامعتبری و نامناسبی را مطرح کرده اید.
4. دربرگیرنده گویه های متغیر مستقل و وابسته: تمامی فرضیات مطرح شده به دنبال ارائه پیشبینی علمی و سنجش روابط بین متغیرهای مستقل و وابسته تحقیق هستند. بنابراین در زمان ارائه فرضیات باید این روابط را به شکل دقیقی دنبال کنید و از وجود متغیر مستقل و وابسته در تحقیق اطمینان حاصل کنید. 
فرضیات در پایان نامه چندین شکل کلی را شامل شده و در برمیگیرند که عبارتند از:
1. فرضیه ساده (Simple hypothesis): سعی میکند رابطه ساده بین یک متغیر مستقل و یک متغیر وابسته را پیشبینی کند.
2. فرضیه پیچیده (Complex hypothesis): سعی میکند رابطه بین دو یا چند متغیر مستقل و دو یا چند متغیر وابسته را پیشبینی کند.
3. فرضیه مستقیم (Directional hypothesis): این فرضیه بر نتایج مستقیم حاصل از ارتباط بین دو متغیر مستقل و وابسته تمرکز دارد.
4. فرضیه غیرمستقیم (Non-directional hypothesis): این فرضیه هیچ پیشبینی دقیقی از رابطه بین متغیر مستقل و وابسته ارائه نکرده و زمانی مطرح می شود که ادبیات موضوع در یک حوزه کاملا متناقض و در تضاد با یکدیگر هستند.
5. فرضیه خنثی (Null hypothesis): زمانی اتفاق می افتد که شخص نویسنده یک پیشبینی منفی از ارتباط بین دو متغیر مستقل و وابسته ارائه میکند و برای مثال بیان می کند که ارتباطی بین دو متغیر وجود ندارد.
6. فرضیه جایگزین (Alternative hypothesis): فرضیه جایگزین زمانی مطرح می شود انتظار می رود نتایج جدیدی متفاوت با نتایج قبلی رخ خواهد داد و در نتیجه فرضیه جدید جایگزین فرضیات قدیمی می شود. 
معمولا ارتباط بین سوالات تحقیق و فرضیات موجود در پایان نامه یک ارتباط پیوسته، منسجم و مداوم است که برگرفته از موضوع پایان نامه و در چارچوب آن می باشد.
فرضیات، مدلها - منابع - ژورنال ها 

قطعا دانشجویان رشته مهندسی و بسیاری از رشته های فنی و حتی برخی از رشته های علوم انسانی در فرآیند نگارش پایان نامه و یا حتی قبل از آن به دفعات واژه شبیه سازی (Simulation) را شنیده اند. شبیه سازی یا Simulation همانطور که از اسم آن مشخص است به دنبال طراحی مدلی مشابه سیستم واقعی است که این امکان را برای دانشجویان فراهم می کند که عملکرد سیستم طراحی شده را در ابعاد کوچکتر و آزمایشگاهی مورد ارزیابی قرار دهند و نتایج آن را بررسی نمایند. در حقیقت شبیه سازی همان طراحی الگو برگرفته از یک سیستم واقعی برای سنجش موفق بودن یا نبودن یک پروژه در مقیاس بزرگتر است.
برای مثال فرض کنید شخصی نمونه ای از یک پل فلزی برای اتصال دو نقطه مختلف روی یک رودخانه طراحی کرده است که قرار است فشارهای نقطه ای و محیطی را در قسمت های متفاوت آن تحمل کند و مقاومتش مورد ارزیابی قرار گیرد. نمیتوان این پل را در ابعاد واقعی ساخت و سپس مورد آزمون قرار داد و بهترین کار شبیه سازی و استفاده از نرم افزارهای شبیه ساز است.
شبیه سازی در پایان نامه معمولا فواید بسیاری را دارد که از جمله آن می توان هزینه پایین شبیه سازی نسبت به پروژه های بزرگتر، مشاهده رفتار پیچیده سیستم ها در محیط شبیه سازی شده، بررسی عوامل تاثیرگذار خارجی و در نهایت امکان دستکاری و کنترل فاکتورهای مختلف در شبیه سازی اشاره کرد. به طور کلی برای انجام شبیه سازی درپایان نامه باید به موارد زیر دقت بیشتری داشته باشید:

 1. بررسی چند مورد شبیه سازی مشابه: پیش از انجام هرگونه شبیه سازی سعی کنید با اساتید خودتان در این زمینه مشورت کرده و چند نمونه از شبیه سازی را مقالات مختلف مورد بررسی قرار دهید. معمولا از نرم افزار MATLAB و HSC Chemistry, Onscale Solve و غیره برای شبیه سازی استفاده می شود که می توان نمونه های مختلف مقالات در این حوزه و تحقیقاتی که از این نرم افزارها استفاده کرده اند را براحتی مشاهده و بررسی کرد.

2. بهبود کدنویسی و تسریع فرآیند شبیه سازی: بسیاری از نرم افزارهای شبیه سازی مبتنی بر اصول کدنویسی هستند و برای اینکه بتوانید سرعت عملکرد نرم افزار را بالا ببرید توصیه می شود که بجای استفاده از اسکریپت ها (Scripts) که زمان بیشتری را به خود اختصاص می دهند و فرآیند کدنویسی دشوار تری دارند از فانکشن ها (Functions) استفاده نمایید. همچنین زمانی که از فانکشن ها استفاده می کنید بهتر است بجای نستد فاکنشن (Nested Function) از لوکال فانکشن (Local Function) بهره ببرید.
از این روش خصوصا زمانی می توانید استفاده کنید که فانکشن ها نیازی به دسترسی به متغیرهایشان نخواهند داشت. یک روش دیگر برای بهبود کدنویسی و سرعت نرم افزار تقسیم کردن کد های موجود در برنامه به چند کد ساده تر و منسجم تر است. این کار می تواند زمان اجرای مدل های موجود در برنامه شبیه ساز را به شکل قابل ملاحظه ای کاهش دهد.

3. شبیه سازی موثرتر در نرم افزار: روش های مختلفی برای کاهش زمان مربوط به طراحی مدل و کم کردن زمان تست و بررسی آن وجود دارد که از قبیل آن می توان به Preallocation اشاره کرد که می تواند زمان اجرای مدل را به شکل قابل ملاحظه ای کاهش داد. دانشجویان می توانند بجای تغییر مداوم بردارها و به عبارتی ریسایزاینگ (Resizing) آن که زمان زیادی را صرف میکند از پری الوکیشن بهره ببرید که حداکثر فضا را در اختیار بردارها قرار می دهد.
از طرف دیگر در نرم افزار متلب (MATLAB) برای بهبود عملکرد نرم افزار می توانید بجای کدهای مبتنی بر لوپ که سرعت عملکرد سیستم را کاهش میدهد از ماتریکس های متلب استفاده کنید و البته اگر از نرم افزار متلب برای شبیه سازی استفاده می کنید، سعی کنید در کدنویسی تا جای ممکن از کدهای cd, addpath and rmpath استفاده نکنید و فانکشن های eval, evalc, evalin and feval نیز در زمان کدنویسی بکار نبرید چرا که زمان اجرای پروگرم را طولانی خواهد کرد.
(Simulation) preallocation - Matlab