یکی از تفاوت های بسیار عمده بین پروپوزال کارشناسی ارشد و مقطع دکتری، موضوع دفاع از پروپوزال است. دفاع از پروپوزال در مقطع دکتری یکی از فرآیندهای اصلی و بسیار مهم در جریان فارغ التحصیلی و نگارش تز دکتری محسوب می شود. در مقطع ارشد زمانی که پروپوزال را تکمیل کردید باید آن را برای بررسی بیشتر در اختیار گروه تخصصی دانشگاه قرار دهید و در نهایت تصمیمات لازم در جهت تصویب یا رد آن گرفته خواهد شد. اما این پروسه در مقطع دکتری تا حد زیادی متفاوت بوده و معمولا فرآیند آن به شکل زیر است:
1. انتخاب موضوع، نگارش پروپوزال مقدماتی: اولین و مهمترین بخش در نگارش پروپوزال دکتری، انتخاب موضوع مناسب، غیرتکراری بودن، کاربردی بودن و کانتریبیوشن بالا است. چنانچه اولین گام که همان انتخاب موضوع است را به درستی بر ندارید در نهایت شانس موفقیت بسیار پایین بوده و مجبور خواهید بود تمام فرآیند را از ابتدا انجام دهید. به طور کلی سعی کنید از همان ابتدای نگارش پروپوزال با اساتید راهنما و مشاور خودتان در ارتباط بوده و فرآیند را با تایید آنها پیش ببرید.
2. تهیه نسخه پایانی و تایید اساتید راهنما و مشاور: پس از تهیه پیش نویس اولیه پروپوزال، نوبت به آن می رسد که محتوای آن را مطابق با استانداردها و اصول نگارشی دانشگاه تهیه و آماده کنید. محتوای نگارش شده را از نظر ویراستاری ادبی، پلاجریسم و مشکلات نگارشی بررسی کرده و در قالب پروپوزال مورد نظر دانشگاه ارائه دهید. چنانچه تمامی این فرآیند با نظر اساتید و تایید آنها پیش رفته باشد در نهایت با مشکل مواجه نخواهید شد.
3. تهیه یک نسخه برای شورای تحصیلات تکمیلی به منظور تعیین جلسه دفاع: شورای تحصیلات تکمیلی در هر موسسه آموزشی مسئولیت رسیدگی به امور دانشجویان و اساتید در مقاطع ارشد و دکتری را بر عهده دارد. پس از تهیه نسخه نهایی پروپوزال باید آن را به تایید شورای تحصیلات تکمیلی برسانید و آنها یک زمان دفاع از پروپوزال را برای شما مشخص خواهند کرد.
4. تصویب زمان و داوران جلسه دفاع: زمان و داوران مربوط به جلسه دفاع از پروپوزال توسط شورای تحصیلات تکمیلی مشخص شده و به دانشجو ابلاغ می شوند. توصیه می شود برای تسریع در این بخش فرم های مربوطه مانند فرم درخواست تعیین استاد، بخشنامه انجام رساله، فرم پروپوزال، فرم درخواست دفاع و غیره را از سایت دانشگاه دانلود کرده و مراحل اداری آن را پیش از مراجعه به شورای تحصیلات تکمیلی انجام دهید چرا که ممکن است این فرآیند برای شما تا حدی طولانی شود. چنانچه دانشجوی دوره شبانه، دانشگاه آزاد یا پردیس خودگران هستید باید پیش از انجام مراحل در مورد هزینه های مربوط به دفاع از پروپوزال استعلام بگیرید.
5. برگزاری جلسه دفاع: جلسه دفاع با حضور دو استاد راهنما و مشاور به همراه یک داور که در حوزه موضوع انتخابی شما تخصص دارد. در این جلسه در صورتی که نتوانید نظر اساتید را جلب کنید یا جلسه دفاع با مشکل مواجه شود ممکن است از شما درخواست کنند که این فرآیند را مجدد انجام دهید. چنانچه پروپوزال شما نیاز به اصلاحات داشته باشد باید پس از جلسه آن را انجام داده و تکمیل کنید ودر نهایت به شورای تحصیلات تکمیلی ارسال نمایید.
6. تصویب پروپوزال در جلسه شورای تحصیلات تکمیلی: جلسه شورای تحصیلات تکمیلی در روزهای مشخصی برگزار شده و شما باید مدارک لازم جهت تصویب نهایی را به آنها ارائه کنید
7. ارائه مدارک لازم به شورای تحصیلات تکمیلی: مدارکی که باید به شورای تحصیلات تکمیلی برای تصویب پروپوزال تحویل دهید عبارتند از پروپوزال امضا شده توسط اساتید راهنما و مشاور، فرم مربوط به نظرات اساتید مشاور، راهنما و داور در مورد جلسه دفاع، تاییده ایران داک، فرم کد اخلاق پژوهشی، تاییده بارگزاری پروپوزال در کتابخانه دانشگاه (در صورت نیاز)
8. امضای مدارک توسط مدیر تحصیلات تکمیلی و ارسال نامه ابلاغیه: پس از ارائه تمامی این مدارک نوبت به تایید و امضای مدیر تحصیلات تکمیلی است و وی زمانی که نامه تصویب نهایی پروپوزال را دریافت کند به اساتید مشاور و راهنما در مورد شروع فرآیند نگارش رساله نامه ای ارسال می کند. این نامه با عنوان نامه ابلاغیه تصویب پروپوزال شناخته می شود.